Inden det organiske affald kan blive behandlet og genanvendt, skal det først indsamles. I udgangspunktet skal indsamlingen af den organiske del med henblik på genanvendelse ske adskilt fra resten af husholdningsaffaldet.
 
Indsamling finder overordnet sted ved to forskellige indsamlingssystemer, nemlig enstrenget og tostrenget. Det er antallet af beholdere på husstanden (en eller to), der afgør, hvilket system der er tale om.
 
Dertil kommer der to varianter, som både kan gøre sig gældende ved enstrenget og tostrenget indsamling. Det drejer sig om tokammerbeholdere og/eller tokammerbiler.
 
Endvidere eksisterer der også et tredje indsamlingssystem, det såkaldte flerfraktionssystem, hvor affaldet indsamles ved hjælp af vakuumsug.
 
Derudover beskrives hjemmekompostering som per definition betyder, at det organiske affald ikke forlader husstanden, men håndteres på stedet. Se beskrivelse af hjemmekompostering her.
 
Endelig omtales de forskellige ordninger for haveaffald, der ligeledes udgør en organisk fraktion fra husholdningerne. 
  
Enstrenget
Enstrenget indsamling er ensbetydende med, at både det organiske husholdningsaffald og restaffaldet indsamles i en og samme beholder.
 
Ved den enkelte husstand er der opstillet en 140 liters beholder uden opdeling. Derudover forsynes husstanden med et todelt køkkenstativ samt grønne og sorte affaldsposer i plast til henholdsvis det organiske affald og restaffaldet.
 
Efter tømning af beholderen bringes affaldet til sorteringsanlægget, hvor det tippes af på et transportbånd. Transportbåndet er koblet sammen med flere transportbånd, som under transporten har til formål at skabe afstand mellem affaldsposerne.
 
Anlægget er forsynet med flere kameraer, der registrerer den grønne farve på poserne, der passerer forbi. Når kameraet har registret farven, sendes et signal til en række såkaldte udskubbere. Udskubberne fører de grønne poser over på et nyt bånd, hvorved de grønne og sorte poser adskilles.
 
De sorte affaldsposer fortsætter på transportbåndet frem mod en pressecontainer, der komprimerer mængden, hvorefter denne fraktion går til forbrænding.
 
De grønne poser føres hen mod en poseåbner. Efter en tur gennem poseåbneren, som er to valser forsynet med knive, falder det organiske affald ned i en sigte med et 50 mm sold. Her frasorteres poserne og de større fraktioner til forbrænding.
 
Det organiske affald føres fra tromlen via en magnetseparator, der fanger eventuelt jern og metal, til en container. Den organiske del går her efter til enten biogasproduktion eller kompostering.
 
Der eksisterer 2 varianter af det enstrengede indsamlingssystem, nemlig indsamling i tokammerspand og indsamling med tokammerbil. Det er også muligt at gå til beskrivelserne af disse via menuen til venstre.

Tokammerspand
En variant af det enstrengede indsamlingssystem er indsamling i en tokammerspand.
 
En tokammerspand er en beholder på eksempelvis 260 liter, som er opdelt af en skillevæg. De to rum i beholderen er typisk ikke lige store og modsvarer dermed fordelingen af den organiske fraktion og restaffaldet i en gennemsnitlig husstand.
 
Af hensyn til hygiejne og den videre håndtering skal affaldet emballeres i poser. Selvom det ikke er et krav, at poserne til det organiske affald skal være f.eks. grønne, kan kommunen udlevere poser i denne farve. Det sker for at gøre det nemmere for borgerne at adskille affaldet i det daglige og af hensyn til den generelle signalværdi. 
 
Tokammerbil
En variant af både det en- og tostregede indsamlingssystem er indsamling foretaget af en opdelt renovationsvogn, en såkaldt tokammerbil, da denne type renovationsvogn benyttes i begge systemer.
 
Kassen i renovationsvognen er delt af et skot, der holder de to fraktioner adskilt. Oftest er kammeret til det organiske affald mindre end det til restaffaldet, da volumen her er større.
 
Er der tale om separate beholdere, læsses de direkte op i de respektive kamre, mens de kammeropdelte beholdere indlæsses sådan, at skottet flugter med beholderens skillevæg.
 
Et stempel trykker løbende affaldet bagud i kassen, hvorved mængden komprimeres. Stemplet holder også den ene fraktion tilbage ved tømning, så de ikke blandes sammen.
 
Oftest er vognen endvidere forsynet med vejeceller, der enten er monteret under kassen eller indbygget i selve beholderliften. Mens førstnævnte bestemmer affaldets samlede vægt, gør liftvægten det muligt at kunne afregne med den enkelte husstand.
 
Se også beskrivelsen af indsamling i tokammerspand.
 
Tostrenget indsamling
Tostrenget indsamling er en indsamlingsmetode, hvorved organisk husholdningsaffald og restaffaldet indsamles i hver deres beholder.
 
Ved husstanden opstilles en 140 liters beholder til det organiske affald samt en 190 liters beholder til restaffaldet. De to størrelser afspejler forskellen i mængder og volumen.
 
Derudover bliver der også udleveret bionedbrydelige poser med påtrykt sorteringsvejledning og en køkkenspand til den enkelte husstand.
 
I princippet står det borgerne frit for, om de vil emballere det organiske affald. Det har dog vist sig, at de udleverede poser medfører øget indsamling af organisk dagrenovation. Poserne har endvidere den fordel, at fugten i affaldet kan slippe ud og derved bremses den naturlige nedbrydning.
 
De to beholdere tømmes separat, således at det organiske affald hentes den ene uge, mens restaffaldet afhentes den følgende uge. Indsamlingen sker i den samme renovationsvogn, som herved udnyttes fuldt ud.
 
Efter afhentning bliver det organiske affald kørt til en omladestation, hvor det lastes over i en container. Containeren går her efter til biogasproduktion og kompostering. Restaffaldet køres uden omladning til forbrænding.
 
Der eksisterer 1 variant af det tostrengede indsamlingssystem, nemlig indsamling med tokammerbil. Det er også muligt at gå til beskrivelsen af denne via menuen til venstre.
 

Tokammerbil
En variant af både det en- og tostregede indsamlingssystem er indsamling foretaget af en opdelt renovationsvogn, en såkaldt tokammerbil, da denne type renovationsvogn benyttes i begge systemer.
 
Kassen i renovationsvognen er delt af et skot, der holder de to fraktioner adskilt. Oftest er kammeret til det organiske affald mindre end det til restaffaldet, da volumen her er større.
 
Er der tale om separate beholdere, læsses de direkte op i de respektive kamre, mens de kammeropdelte beholdere indlæsses sådan, at skottet flugter med beholderens skillevæg.
 
Et stempel trykker løbende affaldet bagud i kassen, hvorved mængden komprimeres. Stemplet holder også den ene fraktion tilbage ved tømning, så de ikke blandes sammen.
 
Oftest er vognen endvidere forsynet med vejeceller, der enten er monteret under kassen eller indbygget i selve beholderliften. Mens førstnævnte bestemmer affaldets samlede vægt, gør liftvægten det muligt at kunne afregne med den enkelte husstand.
 
Se også beskrivelsen af indsamling i tokammerspand.

Flerfraktionssystem
Et flerfraktionssystem er i stand til at indsamle en række forskellige affaldsfraktioner, herunder organisk affald, ved hjælp af vakuumsug.
 
Systemet kan bedst sammenlignes med en støvsuger, som transporterer affaldet til et centralt opsamlingssted gennem et rørnet. Flerfraktionssystemet kan i princippet betjene alle typer husstande, men udnyttes mest hensigtsmæssigt i tæt bebyggede områder.
 
Affaldet afleveres enten i en affaldsskakt eller i en række indkast, hvor der er et for hver fraktion. Skakten eller indkastet er koblet til et nedgravet rørnet.
 
Når affaldet er afleveret, falder det først ned i et magasin. Magasinet er udstyret med en elektronisk niveauføler, der sender et signal om at starte systemet op, når mængden har nået et vist niveau.
 
Herefter åbnes en bundventil i magasinet samt en såkaldt tilluftsventil, der gør det muligt for luften at passere frit. Suget foregår ved, at en række kraftige ventilatorer skaber undertryk og i kombination med luftflowet, fører det affaldet gennem røret. Et sporskifte sørger for, at fraktionerne håndteres hver for sig.
 
I affaldsterminalen finder der en mekanisk udskillelse sted, ved at luften passerer gennem et filter, hvorved affaldet falder ned i et kammer. Fra kammeret skubber en komprimator affaldet ind i en container for den pågældende fraktion, som herefter kan fragtes til videre behandling.